ภาพยนต์เล่าถึงเรื่องราวเริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบว่า มีความผิดปกติเกิดขึ้นบริเวณอ่าวโตเกียวของเจ้าหน้าที่ที่รักษาความปลอดภัยบริเวณชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งที่มีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมที่รุนแรงในระบบ Tokyo Bay Aqua-Line ในเวลาต่อมา แต่เรื่องทั้งหมดกลับถูกปกปิด จนกระทั่งหายนะครั้งยิ่งใหญ่ได้ปะทุรุนแรงขึ้นมา จากแรงสั่นสะเทือนที่เกิดขึ้นมาพร้อมเสียงคำรามที่กึกก้องของเหล่าอสูรกายขนาดมหึมา เริ่มจากชายฝั่งในเขตคามากุระ จังหวัดคานากา ที่ผู้คนอาศัยอยู่ ไปจนถึงกรุงโตเกียว เมื่อ ก็อดซิลล่า ตัวใหม่ กลับมาปรากฏตัวให้เห็นและทำให้ญี่ปุ่นทั่วทั้งเมืองต้องตกอยู่ในความหวาดกลัวและโกลาหลอีกครั้ง มหันตภัยครั้งร้ายแรงที่สุดของญี่ปุ่นได้เริ่มขึ้นแล้ว
