ภาพยนต์เล่าถึงเรื่องอนาคตอีกทางหนึ่งของเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์ผู้มีพลังวิเศษ เมื่อพวกเขาได้เกิดขัดแย้งกันเองภายในกลุ่ม จนได้ถูกกลุ่มที่ต่อต้าน จ้องที่จะทำลายล้างพวกเขาทั้งหมด กำจัดไปทีละคน และได้นำมาสู่หายนะของโลกนี้ เมื่อ คิตตี้ ไพรด์ ผู้ที่รอดชีวิตคนสุดท้ายของกลุ่ม ได้ส่ง Wolverine เดินทางย้อนเวลากลับมา ทำให้เขาได้พบเจอกับ Professor X, Rogue และ Magneto ในอดีต อย่างไรก็ดี การเดินทางข้ามกาลเวลาในครั้งนี้ มนุษย์กลายพันธุ์ต้องมองหาโอกาส ที่จะพาโลแกนกลับมายังโลกอนาคตด้วย และในเหตุการณ์นี้เองที่จะทำให้ Rogue กลายมาเป็นกุญแจดอกสำคัญของเรื่อง
