ภาพยนต์เล่าถึงหลายเดือนหลังการต่อสู้ระหว่างเคนชิน และอุโด้ จินเอ ที่ดุเดือดได้จบสิ้นลง บ้านเมืองก็เริ่มที่จะกลับคืนสู่ความสงบ แต่สันติสุขก็คงอยู่ไปไม่ได้นานนัก เมื่อศัตรูจอมวายร้ายตัวฉกาจอย่าง ชิชิโอ มาโคตะ และลูกน้องนามว่ากลุ่ม จุปปงกาตานะ ได้คิดวางแผนที่จะโค่นล้มรัฐบาลเมจิและจะยึดครองประเทศญี่ปุ่น เคนชินจะตัดสินใจอย่างไรดี เมื่อมีเขาเพียงเขาคนเดียวที่ต่อกรรับมือกับเหล่าวายร้ายกลุ่มนี้ได้
