หนังพูดถึงความลับของนกเพนกวินที่น่าตลกที่สุดในโลกแห่งการจารกรรม ตอนนี้สกิปเปอร์, โควัลสกี้, ริคโก้และไพรเวท ต้องให้ร่วมมือกับองค์กรสายลับสุดชิคเดอะ นอร์ธ ไวลด์ นำโดยเจ้าหน้าที่สายลับ เพื่อหยุดยั้งจอมวายร้ายเจ้าเล่ห์ ดร.ออคทาเวียส ไบรน์ ที่จะมาครองโลกให้จงได้
